Нужно ли в данной ситуации выплачивать налог и в каком размере?

Здравствуйте, Инна!

Согласно ч. 1 ст  22.3 Федерального закона «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» от 08.08.2001 г. № 129-ФЗ государственная регистрация при прекращении физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя в связи с принятием им решения о прекращении данной деятельности осуществляется на основании представляемых в регистрирующий орган следующих документов:

а) подписанного заявителем заявления о государственной регистрации по форме, утвержденной уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти;

б) документа об уплате государственной пошлины;
в) документ, подтверждающий представление в территориальный орган Пенсионного фонда Российской Федерации сведений в соответствии с подпунктами 1 - 8 пункта 2 статьи 6 и пунктом 2 статьи 11 Федерального закона «Об индивидуальном (персонифицированном) учете в системе обязательного пенсионного страхования» и в соответствии с частью 4 статьи 9 Федерального закона «О дополнительных страховых взносах на накопительную пенсию и государственной поддержке формирования пенсионных накоплений». В случае, если предусмотренный настоящим подпунктом документ не представлен заявителем, указанный документ (содержащиеся в нем сведения) предоставляется по межведомственному запросу регистрирующего органа соответствующим территориальным органом Пенсионного фонда Российской Федерации в электронной форме в порядке и сроки, которые установлены Правительством Российской Федерации.

Поэтому, для регистрации прекращения предпринимательской деятельности Вы должны были обратиться в ФНС по месту жительства. Вам должны были выдать свидетельство о прекращении предпринимательской деятельности. Если данная процедура была Вами произведена, то тогда действия ФНС по Вашему месту жительства являются неправомерными. Вам тогда, надо будет обратиться в суд с исковым заявлением об оспаривании действий (бездействия) ФНС в порядке, предусмотренном ст. 254 ГПК РФ

Если есть желание, могу оказать помощь при составлении искового заявления.